根据ISO/IEC 17021-1《合格评定 管理体系认证机构要求》规定，管理体系的初次认证审核应分为两个阶段实施：第一阶段和第二阶段。
一、第一阶段审核主要是收集必要的相关信息，为第二阶段审核的顺利实施做好充分的准备工作。第一阶段审核的目的为：
1、审核受审核方的文件化管理体系信息；
2、评价受审核方现场的具体情况，并与受审核方人员进行讨论，以确定第二阶段的准备情况；
3、审查受审核方理解和实施标准要求的情况，特别是对管理体系的关键绩效或重要的因素、过程、目标和运作的识别情况；
4、收集关于受审核方管理体系范围的必要信息，包括：受审核方的场所、使用的过程和设备、所建立的控制的水平（特别是客户场所为多场所时）、适用的法律法规要求；
5、审查第二阶段所需资源的配置情况，并与受审核方商定第二阶段相关细节；
6、结合管理体系标准或其他规范性文件，充分了解受审核方的管理体系和现场运作，以便为策划第二阶段提供关注点；
7、评价受审核方是否策划和实施了内部审核与管理评审，以及管理体系的实施程度能否证明审核方已为第二阶段做好准备。
二、第二阶段审核的目的是受审核方管理体系的实施情况，包括有效性。第二阶段审核的目的主要包括：
1、判断受审核方的管理体系是否符合审核准则的所有要求，管理体系是否得到有效运行，是否有效实施了组织的方针和目标；
2、判断受审核方是否遵守了环境管理体系的各项程序；
3、确定组织的管理体系是否能够通过现场审核，推荐认证注册。
需要特别说明的是，第二阶段审核应覆盖体系拟认证范围内的所有部门和活动，关注并重点评价受审核方管理体系和“标准”所有要求的实施情况，包括对管理体系标准要求的符合性和管理体系运行的有效性。因此，第二阶段审核应在受审核方的现场收集审核证据
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